内依次为钟鼓楼、
智化门、智化殿
及东西配殿(大智殿、藏殿)、
如来殿、
如来殿在智化殿后,是中轴线上最大的建筑,殿内供奉如来本尊像,因此得名如来殿;殿为上下两层,四面墙壁上除有门窗地方饰满佛龛,龛内置小漆金佛造像,相传有九千余尊,因此又得名万佛阁。万佛阁的藻井在二十世纪三十年代被寺僧盗卖至美国,目前存于美国纳尔逊博物馆
(存于美国纳尔逊-阿特金斯博物馆万佛阁藻井)
寺内主要建筑物的屋瓦用黑色琉漓脊兽铺砌,虽经历代多次修葺,梁架、斗拱、彩画等仍保持明代早期特徵。经橱、佛像及转轮藏上的雕刻,道劲古朴,艺术高超。1961年被国务院列入首批全国重点文物保护单位。
智化寺坐北朝南,排列布局具有明代特点,在建筑风格上,虽经多次 壁画局部 翻修,仍保存着宋代向明清过渡的明显特征,也是北京城内现存最大的明代建筑之一,是研究明代建筑的重要实例。